RSA:n monikäyttöisyys perustuu siihen, että kullekin ihmiselle voitaisiin generoida yksi RSA-avainpari, jota hän voisi käyttää kaikessa viestinnässään ja muissa toimissaan, joissa RSA olisi käyttökelpoinen. Esimerkiksi pankkitoimessa voitaisiin käyttää transaktioiden varmistamiseen digitaalisia allekirjoituksia.
Ongelmana on se, että käyttäjän on talletettava salainen (ja julkinen) avaimensa jonnekin. Salainen avain voidaan toki kryptata jollain konventionaalisella salausjärjestelmällä (kuten PGP:ssä tehdäänkin), mutta joka tapauksessa avainta käytettäessä se on avattava selväkieliseksi.
Mikäli tietoturvallisuus tällaisessa järjestelmässä ei ole ehdoton, voi avain helposti joutua vääriin käsiin, jolloin kaikki kyseistä avainta käyttävät salaukset ja allekirjoitukset muuttuvat merkityksettömäksi. Vielä pahempaa on, jos henkilön salainen avain joutuu vääriin käsiin ilman, että tietovuotoa huomataan. Tällöin avaimen sieppaaja voi tehdä avaimen laillisen haltijan nimissä mitä tahansa avaimella tehtäviä operaatioita sekä avata kaikki käyttäjän julkisella avaimella salatut viestit.
On itsestään selvää, että mikäli RSA-avainta käytetään monessa yhteydessä, moninkertaistuvat riskit avaimen joutumisesta vääriin käsiin. Mahdollinen ratkaisu voisi olla älykortti, johon avainpari talletettaisiin ja joka itse hoitaisi RSA-operaatiot. Tällöin älykortin pitäisi luonnollisesti vaatia toimiakseen jonkinlainen varmistus siitä, että korttia käyttää laillinen käyttäjä itse.