Riverst, Shamir ja Adelman esittivät jo kirjoituksessaan 1978 julkisavainsalauksen tärkeimpänä sovelluksena ns. digitaaliset allekirjoitukset. Digitaalinen allekirjoitus RSA:n avulla tapahtuu siten, että kryptaus käännetään ikäänkuin ylösalaisin. Sähköisessä muodossa olevan asiakirjan allekirjoituttaja kryptaa asiakirjan käyttämällä salaista avaintaan. Tällöin allekirjoituksen oikeellisuus voidaan varmentaa yksinkertaisesti avaamalla viesti allekirjoittajan julkisella avaimella. Mikäli viesti aukeaa, on allekirjoitus oikea.
Huomattavaa on myös se, että mikäli halutaan ainoastaan allekirjoittaa sähköisessä muodossa oleva asiakirja eikä kryptata sitä, ei koko asikirjan käsittely RSA:lla ole tarpeen. Asiakirjasta voidaan jollain nopealla hash-menetelmällä (esim. MD5) ottaa lyhyt ns. sormenjälki. Kyseinen sormenjälki voidaan sitten kryptata allekirjoittajan salaissella RSA-avaimella. Tällöin allekirjoituksen verifiointi tapahtuu luonnollisesti siten, että allekirjoituksena toimiva digitaalinen allekirjoitus (kryptattu sormenjälki) avataaan allekirjoittajan julkisella avaimella. Tämän jälkeen verifioitavasta viestistä lasketaan uudelleen sormenjälki samalla tavalla kuin allekirjoitettaessa. Mikäli sormenjäljet ovat identtiset, on allekirjoitus oikea.